گرچه فهرست اثرهای جانبی بالقوه و واکنش های منفی ناشی از آکوتان یا فرمولاسیون ژنریک جدید آن بسیار بلند و حتی برای خیلی ها بیش از اندازه زیاد است ، شایع ترین اثرهای منفی شامل خشکی و ترک لب ها و خشکی چشم ها ، خشکی پوست و خشکی دهان است. اثر جانبی دیگری که نامعمول تر است ، احتمال عفونت ثانوی با باکتری S . aureus است. این عفونت در صورت لزوم با آنتی بیوتیک های موضعی یا خوراکی قابل درمان است. بعضی بیماران از دردهای عضله و پشت درد گفته اند و بعضی در شروع درمان سردردهای خفیف دارند. خون آمدن از بینی نسبتا شایع است و شکنندگی پوست نیز ممکن است به خصوص در دست ها رخ دهد.

هر بیماری که سردردهای شدید ، کم شدن دید در شب ، یا نشانه های حالت های روحی بد داشت باید بی درنگ مصرف دارو را متوقف و به دکتر خود تلفن کند. علاوه بر این ، لیپید (چربی) سرم معمولا باید به طور منظم پایش شود. این کار با آزمایش خون منظم انجام می شود.

ایزوترتینویین خوراکی یا ناقص الخلقه ساز قوی است ، یعنی در زنانی که در دوره مصرف ایزوترتینویین خوراکی یا در فاصله یک ماه پس از قطع آن باردار می شوند ، سبب نقص جنین می شود. به همین دلیل ، هر زنی که بالقوه می تواند باردار شود و تصمیم به مصرف ایزوترتینویین دارد باید قبل از شروع این درمان و حداقل یک ماه پس از درمان دو آزمایش بارداری منفی داشته باشد. پشگیری کافی از بارداری ضروری است و تاکید بر اهمیت این موضوع در پیش از شروع درمان ، در مدت درمان و نیز 4 هفته پس از قطع درمان مبالغه نیست. این درمان باید پس از اینکه نتیجه دو آزمایش بارداری منفی به دست آمد در روز های اول ، دوم ، یا سوم خونروی ماهانه آغاز شود.

نکته مهم دیگر این است که هم فردی که ایزوترتینویین مصرف می کند و هم افراد خانواده او باید در مورد امکان نوسان های خلقی و افسردگی در مدت درمان با ایزوترتینویین آموزش ببینند. در اکثر موارد ، پیامد های روحی مربوط به آکنه شدید معمولا با شروع بهبود آکنه بهبود می یابد ؛ البته در بعضی افراد دچار آکنه که افسردگی ، یا گرایش به افسردگی دارند ، حالت روانی با درمان آکنه بهبود نمی یابد. این وضعیت ممکن است چند دلیل مختلف داشته باشد ؛ اما به هر حال مصرف ایزوترتینویین خوراکی باید در چنین مواردی متوقف شود و درمان افسردگی ، چنانکه لازم است ، انجام شود.